培养皿中的细菌人类体内和身体上也有大量的细菌。据估计,人体内每一个细胞大约有10个细菌,大约有1千万亿(1015)个微生物,分布在500到10万个物种之间。绝大多数细菌生活在大肠中,虽然它们遍布全身,但体内的一些细菌是好的,比如乳酸菌,它能在肠道内将牛奶蛋白转化为乳酸,还有一些是坏的,比如那些导致蛀牙和胃溃疡的细菌
细菌可以在温泉和其他不适合其他生物居住的地区定居。在肥沃的土壤中发现的细菌数量巨大:大约100个每0.035盎司(1克)的土壤中就有几百万到30亿种,有时这个小样本中含有多达一百万种一个典型的土壤样品虽然只有少数几种,但数量众多,但数量不多,它们帮助其他生物分解有机碎屑,形成肥沃的土壤,特别是细菌是唯一能够将大气中的氮转化为固定(固体)氮的生命形式,以硝酸盐的形式存在,然后被植物用作营养物质。如果有有机物质存在,甚至在某些情况下,存在无机还原化合物,那么细菌与其他微生物合作,可能会找到某种方法来消化它。有些物种会消耗路边的轮胎碎片,溶解尸体中的老年痴呆症斑,甚至会消耗TNT或硫酸盐矿物。利用细菌或其他微生物分解有毒化学物质称为生物修复
人类需要肠道中有好的细菌才能消化。
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