什么是霰弹枪测序(Shotgun Sequencing)？

鸟枪测序法是一种DNA测序方法，它将一长串DNA物理地分解成小片段（约2000个碱基对），通过计算机分析进行克隆、测序和组装。它由Celera公司的Craig Venter开发并闻名于世。Venter于1996年在工作时开发了这项技术Shotgun测序...

鸟枪测序法是一种DNA测序方法，它将一长串DNA物理地分解成小片段（约2000个碱基对），通过计算机分析进行克隆、测序和组装。它由Celera公司的Craig Venter开发并闻名于世。Venter于1996年在工作时开发了这项技术Shotgun测序是1996年发展起来的一种DNA测序方法Venter于1998年成立了Celera，其任务是在三年内对人类基因组进行测序，这一目标与已经开始运作的人类基因组计划直接竞争，一个大学联合体，利用一种称为map-based或BAC-to-BAC测序的老策略对人类基因组进行测序。这种方法首先将基因组分成15万个碱基对片段（称为BAC），按顺序组装BAC，然后对每个BAC进行详细测序在shotgun测序中，一个很长的DNA序列被分成小块。全基因组shotgun测序绕过BAC的创建和定位，从DNA测序开始这个过程首先从感兴趣的有机体中获取高分子量的DNA样本，然后通过窄口径注射器或声波将其物理破碎成小块，这是一种利用声波破碎样本的方法。剪切是一个随机过程，所以片段的序列在它们之间会有一些重叠。剪切并不会特别产生测序所需的2000个碱基对片段，必须从混合物中纯化出所需大小的片段。下一步是将DNA片段与载体DNA连接起来，这个过程称为克隆，它创建了一个测序文库，从中可以创建整个基因组的序列。文库中每个克隆的序列都是确定的，计算机分析用来找出每个片段中重叠的或连续的序列。将重叠的部分组合起来就形成了一个“contig”，这是DNA序列的长时间连续延伸鸟枪式克隆通常会导致contigs之间的一些间隙，因为一些序列偶然地从库中丢失了。可以通过创建一个新库或使用已知序列从contig向外扩展来填补空白。因为散弹枪测序随机测序DNA片段，许多片段测序不止一次，与每个片段只被测序一到两次相比，我们更能确定序列的正确性。人类基因组计划使用基于地图的测序方法和Celera使用散弹枪进行测序测序。鸟枪测序现在是其他种类基因组测序的首选方法植物拟南芥、水稻、牛、狗、鸡、黑猩猩、大鼠、小鼠、河豚等多种生物的全基因组，许多微生物都是用这种方法测序的

发表于 2020-07-26 05:57
阅读 ( 4306 )
分类：医疗卫生

什么是霰弹枪测序(Shotgun Sequencing)？

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

作家榜 »

推荐文章