古细菌是分类学分类的六大领域之一。多年来,科学分类的最高水平发生了几次变化。1735年,林奈介绍了两个王国:植物(植物和真菌)和动物界。1866年,德国生物学家恩斯特·海克尔(Ernst Haeckel)为所有单细胞生物引入了另一个王国,原核生物。1937年,法国生物学家Edouard Chatton根据对细胞的更详细观察,将生命划分为两个"帝国"——原核生物和真核生物在植物、动物和细菌中,发现植物和动物在细胞的复杂性和细胞核的存在上有着基本的相似之处,而细菌则缺乏细胞核和细胞器(细胞内结构)在50年代、60年代和70年代之后,又发生了几次重大的更新,这是生物学发展迅速的时期。赫伯特·科普兰在1956年将系统更新为四个王国,当时他将原核生物更名为莫内拉,并将真核生物分成三个王国:原核生物、植物界和动物界。另一个变化发生在1969年,当时罗伯特·惠特克分裂了原生质体分为真菌和原生质体,首次为真菌提供了自己的顶级分类。1977年,卡尔·沃斯和他的合作者引入了迄今为止最拥挤的顶级系统,共有六个王国:真细菌,古细菌,原生动物、真菌、车前草和动物然后,在1990年,这个系统被Woese大大简化,减少到三个领域:细菌,古菌,真细菌是目前使用的最高级分类系统。
真细菌被认为是科学分类的六大王国之一。
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