利用Hmm建模找基因家族
如何利用已知pfam号与HMM寻找基因家族
东西/原料
- hmm
- 电脑
方式/步调
- 1
起首，操纵已有的基因号，植物的话上https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html，找到基因的卵白质序列
- 2
随后，将序列复制，而且进入http://smart.embl-heidelberg.de/
将氨基酸序列粘贴进去，可看见
- 3
点击红色指示区域，
- 4
再进入http://pfam.xfam.org/，接下来按照操作一步步走
- 5
下载完毕，将所要找的基因组库与这个hmm模子均放在hmm的文件夹下面，如图
- 6
打开下载好的HMM文件，必然要将红色箭头标注处改为b，不然windows运行不了
- 7
再打开号令提醒符，即cd
- 8
然后就完当作啦啦啦啦
看图
END
注重事项
- hmm下载后的文件，必然要必然要将红色箭头标注处改为b！！！
- 发表于 2020-04-03 19:00
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