MEGA无法画进化树，那就用PAUP呀

你是否会遇到用MEGA作图出现No Common Sites等问题呢？那么试试PAUP作图吧~

东西/原料

1
先将基因家族的卵白质序列清算并导入MEGA软件
2
然后再经由过程Align by Muscle的方式，将卵白质的序列进行比对
3
将比对好的成果另存为如图格局，便利下一步操纵PAUP建树
4
将保留的文件XXX.nexus格局，导入PAUP软件中
5
此次临时只介绍NJ建树法。
导入后，起首确定外群的名字，假如外群为>PT1，那么输入
outgroup PT1 按下回车（注重outgroup后有英文的空格）
6
然后按下号令行
Set criterion=distance 回车
再按下号令行
Bootstrap search=nj nreps=1000 keepall 回车
然后
contree 回车

这时辰会呈现进化树的图，如下图所示
7
最后一步保留，Savetrees from=1 to=1000，然后就会保留在桌面了，为XX.tre格局
8
最后用ITOL在线网站http://itol.embl.de/login.cgi ，处置XX.tre图，以获得本身最抱负的图形。ITOL功能很壮大哦，能做出各类组合图，可以加上各类颜色的。
END