利用HMM，jalview找基因家族

本次介绍不能直接利用pfam号找hmm模型的情况。

东西/原料

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起首，拿到所需要参考基因的卵白质序列，然后将序列导入jalview，进行比对，如图（刚把序列放进去的时辰，alignment可能是灰色的，稍安勿躁，软件可能需要反映一会儿）。
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然后成果出来之后，选save as，将文本保留为如下模式
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再随后将stk文件改为sto文件，并将该文件拖入hmmer文件夹下，即
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然后我们打开号令提醒符，输入以下，即可获得hmm文件，即建模。
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然后我们就可以比对啦~我们将hmm文件在要找的物种的卵白序列中进行比对，如图
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然后就可以获得所需要的序列咯
END