印度尼西亚的国旗。印度尼西亚有两个主要的动物地理区:西部的巽他兰和东部的华莱士。这两个区被华莱士线划分,位于婆罗洲和苏拉威西岛之间的一条假想线。该线以西主要是与亚洲有关的物种,东面是澳大利亚物种。总的来说,印度尼西亚大约有一半是无人居住的,大部分被雨林所占据。
人类活动已经使猩猩濒临灭绝。在巽他兰,本地有381种哺乳动物,其中173种是特有的。在过去的冰河时期,该地区的海平面很低,动物可以从亚洲大陆迁徙到岛屿上。因此,这里可以找到老虎、犀牛、大象和豹子。印度尼西亚特有的最著名的物种猩猩,在婆罗洲和苏门答腊岛,它们构成了两个不同的物种。这些橙色的类人猿是高度智能的工具使用者,但它们受到人类活动和栖息地破坏的威胁。美丽的苏门答腊虎,最小的老虎,可以在岛上的离子斑点上找到,在那里它只有500只个体蝙蝠是印度尼西亚两种有胎盘的动物之一,印度尼西亚特有的另外两种物种是苏门答腊犀牛和爪哇犀牛,它们是世界上最稀有和最濒危的大型哺乳动物物种。它们因角而长期被猎杀,角在中医中有价值。苏门答腊只有大约300只犀牛和60只爪哇犀牛。需要大量的保护工作来确保这些物种恢复它们的种群数量。这个过程可能需要几个世纪。在华莱士线以东的华莱士地区发现了印度尼西亚特有的其他物种。华莱士有126种特有物种,包括7种猕猴、5种眼镜猴、稀有水牛亚属anoa和长有两组弯角的猪状动物babirusa。新几内亚岛上有印度尼西亚特有的物种,如奇特的古德费罗树袋鼠,许多种啮齿动物,有些只有一英尺长,美丽的巴布亚犀鸟,著名的科莫多龙,现存最大的蜥蜴。由于唯一的本土胎盘哺乳动物是蝙蝠和老鼠,其他物种,如科摩多龙,采用了原本会被大型胎盘所采用的壁龛。
苏门答腊虎遍布印尼各地。
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