鱼、蝙蝠、昆虫和各种其他动物生活在洞穴中。一些生活在洞穴中的动物包括蝾螈、穴居鼠蛇,许多鱼类、蝙蝠和许多节肢动物,包括昆虫、千足虫、收割机、小龙虾、跳蚤、蜘蛛等。较小的动物群数量众多,因为它们的能量需求少于大型动物,包括洞穴特有的环节动物、水蛭、软体动物、螨虫等。许多穴居动物新陈代谢缓慢,无法解释食物的缺乏洞穴。
节肢动物,如千足虫,生活在洞穴中长时间呆在洞穴中的动物最终进化出独特的适应能力,以适应极端环境,例如以牺牲视觉为代价提高听力,或感知微妙振动的能力。许多生活在洞穴中的动物失去了色素,变成了幽灵般的白色,因为色素沉着的信号作用毫无用处黑色环境。昆虫的眼睛功能缺失还伴随着四肢和触角的延伸,蝙蝠是用来通过触觉来观察环境的。真正的洞穴昆虫也有减少或没有翅膀的翅膀。
蝙蝠在洞穴里安家洞穴环境的特点是:不分昼夜、夏、冬,温度和湿度几乎没有变化,尽管大多数洞穴确实有冷空气流动。食物只能从外面进入,以寻求避难的动物的形式活着,或者死在溪流中的有机物中。真菌以这种有机物为食,许多动物反过来又以真菌为食。在洞穴中冬眠的蝴蝶经常被蚱蜢吃掉,而蚱蜢又反过来吃蝙蝠许多洞穴动物是发现它们的洞穴特有的,在某些情况下,它们的跨度可能只有几平方英里,可能还有更多的洞穴动物等待着被发现
洞穴通常在隐蔽的山谷中汇集水。
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