虽然个别的羊膜苷在某些情况下是有益的,但作为一个整体,这类药物会带来一系列潜在的危险副作用。一般来说,任何因使用药物而引起的医学问题称为副作用当副作用涉及对器官的严重损害时,副作用可称为毒性作用。氨基糖苷类毒性通常影响肾脏或耳朵,对耳朵的影响比对肾脏的影响更可能是永久性的当肾脏受到氨基糖苷类药物的不良影响时,人体无法从血液中排出足够数量的废物。多达10%的服用氨基糖苷类药物的人会出现肾脏问题;高剂量、长疗程的治疗以及患者年龄的增加使这一问题更加严重很可能。耳朵损伤,技术上称为耳毒性,发生在同样比例的人身上,某些基因突变会使一个人比其他人更容易患上氨基糖苷类药物毒性的耳部损伤,两性霉素B和环孢霉素也会增加氨基糖苷中毒的风险,而且已经有肾脏疾病的人更容易感染。如果病人以前服用过氨基糖苷类药物,风险也会更高。药物治疗可以逆转某些人对肾脏的损害,但是耳毒性的益处是不太可能实现的,因此氨基糖苷类药物毒性是氨基糖苷类药物的一个显著的副作用。此外,这类抗生素还可使肌肉状况(如重症肌无力)的患者病情恶化,并可延缓琥珀酰胆碱或库拉索等麻醉剂的恢复医生在决定对病人进行何种治疗时,必须权衡这些风险和感染恶化的潜在风险。
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